Каждый из органов, входящих в «большой орган», имеет свое назначение и название; среди наиболее распространенных – «главный» (нем. Hauptwerk), «верхний» (нем. Oberwerk), «рюкпозитив» (Rckpositiv), а также набор педальных регистров. «Главный» орган – самый большой и содержащий основные регистры инструмента. «Рюкпозитив» подобен «главному», но меньше и звучит мягче, а также содержит некоторые особые солирующие регистры. «Верхний» орган добавляет в ансамбль новые солирующие и звукоподражательные тембры; с педалью связаны трубы, издающие низкие звуки для усиления басовых партий. Трубы некоторых из названных органов, особенно «верхнего» и «рюкпозитива», помещаются внутри полузакрытых жалюзи-камер, которые могут закрываться или открываться с помощью т.н. швеллера, в результате чего создаются эффекты crescendo и diminuendo, недоступные на органе без этого механизма.

В современных органах воздух нагнетается в трубы с помощью электромотора; через деревянные воздухопроводы воздух из мехов поступает в виндлады – систему деревянных ящиков с отверстиями в верхней крышке. В этих отверстиях укреплены своими «ножками» органные трубы. Из виндлад воздух под давлением поступает в ту или иную трубу.

Поскольку каждая труба в состоянии воспроизвести звук одной высоты и одного тембра, для стандартного мануала объемом в пять октав необходим набор как минимум из 61 трубы. Вообще же в органе может быть от нескольких сотен до многих тысяч труб. Группа труб, производящих звуки одного тембра, называется регистром. Когда органист включает регистр на шпильтише (с помощью кнопки или рычага, расположенного сбоку от мануалов или над ними), открывается доступ воздуха ко всем трубам данного регистра. Таким образом исполнитель может выбрать любой нужный ему регистр или любую комбинацию регистров.

Существуют различные типы труб, создающих многообразие звуковых эффектов. Трубы изготавливаются из жести, свинца, меди и разных сплавов (преимущественно свинца и олова), в некоторых случаях применяется и дерево. Длина труб может быть от 9,8 м до 2,54 см и меньше; диаметр варьируется в зависимости от высоты и тембра звука. Трубы органа разделяются на две группы по способу звукоизвлечения (лабиальные и язычковые) и на четыре группы по тембрам. В лабиальных трубах звук образуется в результате удара воздушной струи о нижнюю и верхнюю губу «ротика» (лабиума) – разреза в нижней части трубы; в язычковых трубах источником звука является вибрирующий под напором воздушной струи металлический язычок. Основные семейства регистров (тембров) – принципалы, флейты, гамбы и язычковые. Принципалы – фундамент всего органного звучания; флейтовые регистры звучат спокойней, мягче и до некоторой степени напоминают по тембру оркестровые флейты; гамбы (струнные) пронзительнее и острее, чем флейты; тембр язычковых – металлический, имитирующий тембры оркестровых духовых инструментов. Некоторые органы, особенно театральные, имеют также ударные тембры, например, имитирующие тарелки и барабан.
Наконец, многие регистры строятся так, что их трубы дают не основной звук, а его транспозицию на октаву выше или ниже, а в случае т.н. микстур и аликвот – даже не один звук, а также обертоны к основному тону (аликвоты воспроизводят один обертон, микстуры – до семи обертонов).

Орган – древний инструмент. Его отдаленными предшественниками были, по-видимому, волынка и флейта Пана. В 3 в. до н.э. появился водяной орган – гидравлос; его изобретение приписывается мастеру Ктесибию из Александрии. Гидравлос был мощным инструментом, в котором необходимое давление воздуха, поступавшего в трубы, поддерживалось столбом воды. Гидравлос использовался греками и римлянами на ипподромах, в цирках, а также для сопровождения языческих мистерий. Звук гидравлоса был необычайно сильным и пронзительным. В первые века христианства водяной насос был заменен воздушными мехами, что позволило увеличить размеры труб и их количество в органе.

Уже в середине 5 в. органы строились в испанских церквах, но, поскольку инструмент по-прежнему звучал очень громко, его использовали только в дни больших праздников. К 11 в. большие органы строились повсюду в Европе; необычайными размерами был известен, в частности, орган, построенный в 980 в Уинчестере (Англия). Постепенно клавиши заменили неуклюжие большие «пластины»; диапазон инструмента стал шире, регистры – разнообразнее. В это же время вошли в широкое употребление маленький переносной орган – портатив и миниатюрный стационарный орган – позитив.

17–18 вв. – «золотой век» органостроения и органного исполнительства. Органы этого времени отличались красотой и разнообразием звучания; исключительная тембровая ясность, прозрачность делала их превосходным инструментами для исполнения полифонической музыки. Почти все великие органные композиторы писали для «барочного органа», который имел большее распространение, нежели органы предшествующих и последующих периодов. Романтизм 19 в., с его стремлением к экспрессивному оркестровому звучанию оказал сомнительное влияние на органостроение и органную музыку; мастера пытались создать инструменты, являющие собой «оркестр для одного исполнителя», в результате же дело свелось к слабой имитации оркестра. Вместе с тем в 19 и 20 вв. в органе появилось много новых тембров, а также были сделаны существенные усовершенствования в конструкции инструмента.

Тенденция к созданию все более крупных органов достигла кульминации в огромном, насчитывающем 33 112 трубы, органе в Атлантик-Сити (шт. Нью-Джерси). Этот инструмент имеет две кафедры, причем на одной из них – семь клавиатур. Несмотря на это, в 20 в. органисты и органостроители осознали необходимость возвращения к более простым и удобным типам инструмента.